Khu di chỉ Phùng Nguyên nằm trên hai gò đất (gò Ếch và gò Nhà Giả), trong cánh đồng Dộc Chầu thuộc làng Phùng Nguyên (tên cũ là Cổ Nhuế, tên Việt cổ là Kẻ Nội), xã Kinh Kệ, huyện Phong Châu, tỉnh Phú Thọ (nay là xã Phùng Nguyên, huyện Lâm Thao, tỉnh Phú Thọ).

Năm 1959, tại khu vực này người ta đã phát hiện ra nhiều di chỉ của người Việt cổ từ thời tiền sử, từ di chỉ cư trú, mộ táng đến các xưởng sản xuất công cụ lao động và đồ trang sức. Kết quả thám sát, khai quật trên một diện tích khoảng 4 nghìn m2, do các nhà khoa học thực hiện 3 lần (vào các năm 1959, 1961, 1968), đã làm phát lộ hàng nghìn hiện vật, trong đó nổi bật là các hiện vật bằng đá và gốm. Các hiện vật của di chỉ khảo cổ này nằm trong 4 lớp trầm tích văn hóa: lớp trầm tích đầu tiên là đất canh tác từ 0,1m-0,2m, lớp thứ nhì là đất phù sa trắng mịn dày 0,05m-0,1m, lớp thứ ba là đất phù sa lẫn sỏi và than tro dày 0,1m-0,3m và cuối cùng là lớp đất sét mịn màu vàng nhạt dày khoảng 2,5m.